巴氏杀菌机的工作原理是将食品加热到高温（通常为摄氏72-85度）并保持一定时间（通常为15-30秒），以杀灭其中的细菌和其他微生物。然后将加热后的食品迅速冷却，以防止再次受到污染。

巴氏杀菌机常用于杀菌牛奶、果汁、调味品、罐装食品等液态或半液态食品。通过巴氏杀菌机处理后的食品可以在常温下保存较长时间，而不需要添加任何防腐剂。